職場の誓約書に署名

 職場で13項目から成る誓約書に署名させられた。なかなか良くできている誓約書だが、ハラスメントの禁止というところがちょっとひっかかった。あまりこういうことを言い過ぎると、甘ったれたことを言う学生が多くなってかえって職場環境が悪くなる。まあそれはいいとして一番気になったのは職員の非違行為の報告である。非違行為などないわけがない。見つかっていないだけでそんなものはそこら中にあるはず。ないなどと信じていれば落胆と不満でかき乱され、撲滅なんかを目指そうものなら自分が本来やるべきことが犠牲になる。そういったことは他人に任せて極力関わらず、自分の好きなことを黙々とこなして行くのが僕の人生なのだが、署名させられたからにはしかたない。ちょっとだけこのことを頭に入れておく。

論文出版によりさらされるメールアドレス

 学生と一緒に原始的な魚類の一種のミトコンドリアDNAの配列を決めた短い論文がオンラインで出版された。校正に際して、論文に電子メールアドレスが掲載されないようにしてもらえないかと交渉してみたのだが、やはりだめだったようで、今の職場のアドレスがばっちり載ってしまった。これにて世界中に僕のメールアドレスがさらされてしまったことになる。スパムが押し寄せるのも時間の問題だ。

通勤電車内の喜怒哀楽

 毎朝、通勤電車の中で新たに出版された論文のタイトルに目を通す。今日も、なんか自分の興味と良く似た嫌なのが出てしまったなと思いながら眺めていたら、なんと僕の名前も著者リストの真ん中辺りに入っているではないか。あれ、この論文はアクセプトされていたのかと驚いた。全く知らなかった。

特別セミナーの主催

 神戸で、米国留学している後輩に会った。学会発表を契機に2年半ぶりの帰国らしい。何をやっているのか聞いてみると、僕の研究と関連がないわけでもなく、うちの研究所でも興味を持ってくれる人が多数いそうなので、セミナーをやらないかと提案した。いずれ帰国してポジションを探す時にももしかしたら役に立つかもしれないし。そんなわけで今日は特別セミナーを主催することになった。予想外に多くの方が集まりほっとしたが、それ以上に、大学を卒業したばかりの大学院生の頃と比べると驚くほどの成長ぶりで、またの再会が楽しみとなった。僕も負けてはいられない。

学生と並んでポスター発表

 今回の学会はポスター発表だけなのでずいぶんと楽だった。もっと仕事が進んでいる予定だったのだが、頼まれていることが多くて、しわ寄せは結局自分の研究に。それでもポスター発表だからなんとか形になり、興味を持ってくれた人達が集まってくれた。学生の発表が番号一つ違いだったのだが、場所的には向かいでちょっと離れていた。そっちの方にもひっきりなしに人が話を聞きに来ていたようで安心した。学生の方のテーマはもう論文がアクセプトされたのだが、僕自身の方はこれからちゃんと結果を出して早く論文にまとめなければならない。今夜も別なトロント仲間と2人で夕食。宿泊は昨日とは別な新神戸駅の方へ移動。移動はいいのだが、荷物の持ち運びがたいへんである。今回は衣服をできる限り減らしたので、寝る前に下着や靴下を洗っておかねばならない。

紫綬褒章そして文化功労者

 朝刊を眺めていて、大学院博士過程の時の恩師、指導教官であった先生の名前を見つけ、びっくりさせられた。文化功労者に選ばれたのだ。紫綬褒章の受賞から10年。先生の略歴を改めて眺めてみると、僕の今の年で助教授から教授になられている。僕も頑張らねば。

短い論文のアクセプト

 普段は寝る直前にメールを確認したりはしないのだが、今夜は寝床でiPhoneを操作していると、ふと投稿していた論文のアクセプトの連絡がきていることに気づいた。ある動物のミトコンドリアDNAの全配列を決めただけの簡単な報告であるが、アクセプトとは嬉しいものである。しかも何の修正も要求されなかった。今回の仕事で、草稿の文字数が減れば減るほど、準備の苦労は指数関数的に減少することが理解できた。

私と科研費の淡いご縁

 科研費の広報活動の一つに『私と科研費』という研究者の書き物がウェブサイトに掲載されているものがある。以前勤めていた大学の人文系の研究者が興味深いことを書いていたので、その一部で申し訳ないのだが引用してみる。「しかし、科研費を取らなくても研究の質が変わらないとすれば、科研費に応募しないことは、財政節約の見地からいって、推奨されこそすれ、非難される謂れはないはずである。個々の大学から見れば間接経費の減少を招くことになろうが、日本全体の学術という観点からいえば、より必要なところに資金を回せるのである。節約に寄与する人が非難されるというのは、どこか間違っていないだろうか。」冷静に考えればあたりまえのことで、ぜひとも血税のやりくりをしてもらいたいと多くの人が考えているだろうが、予算の獲得合戦に奔走しているような現状では、こういった発想がすっかり忘れ去られているように思えてならない。ちょっとだけ目を覚まさせられたのだが、かと言って自分の行動を変えさせるものでもない。

イチローだって3割

 近くの中国郷土料理レストランで研究所の懇親会が開催された。最初に今年度着任した新所長から挨拶があったが、なかなかためになるスピーチだった。出身大学が同じなので親しみも感じる。要点だけをまとめれば、研究は多くの人がのめり込んでいるようなゲームなんかよりずっと楽しいもので、ぜひ楽しんで取り組んで欲しいが、必ずうまくゆくものでもないから、うまくゆかなくてもめげずに頑張って欲しいといった内容のメッセージである。「あのイチローだって3割しか打てない」と言っていた。

研究所の定例セミナー

 今日は研究所の定例セミナーのでうちの研究部が当番になっている。1ヶ月ほど前に15分でいいからとプレゼンする枠を取ってもらい、念入りに準備するつもりだったのだが、日々の仕事に忙殺されて、思うように行かなかった。それにしても15分は思っていたよりも短かい。とりあえずの準備を終えて、一通りしゃべってみると、よほどスムーズに話さない限り15分では終わらない。そんなわけで本番では焦ってしまったこともあり、重要なポイントをいくつも言いそびれてしまった。質問は1人からしか出なかったし、理解してもらえたのだろうか。今回の反省点を一つだけ挙げるとすれば、話すべき重要なことは、スライドが多少醜くなっても書いておくということ。これはいい忘れそうだな、注意しよう、なんて思っていても、時間に追われていると必ずと言っていいほど話し忘れてしまう。

研究者に必要なミドルネームのイニシャル

 学生の名前、アルファベットのフルネームを使い、MEDLINEで検索させたら、予想通りたくさんの登録があることが分かり、ぜひミドルネームを付けたらいいと提案した。日本人の名前では漢字で区別されても世界的にはこうなってしまう。僕の場合、長音のhを入れているためにMEDLINEでは今のところ過去にさかのぼっても僕一人しかいないようだが、将来的にどうなるかは分からない。以前、面倒を見ていた学生にもミドルネームを付けることを勧め、彼は何を表すAかは教えてくれなかったがAというミドルネームのイニシャルを付け、未だに、ファーストネームとミドルネームはイニシャルだけでも唯一の名前となって2010年出版の論文に名を残している。そして今日、彼女は自分でLと名付けた。とりあえずこれで、自分が決定した塩基配列の登録を行う。

ミトコンドリアDNAの塩基配列完全決定

 突然の入院、手術、そして病気療養で、元気になったとはいえ学生の研究はさっぱり進んでいない。でもなんとか今年の日本分子生物学会年会で、何かしらを発表したいということで、しかたなく僕が抱えていたある動物のゲノム塩基配列決定を試しにやらせてみた。どんな感じになるかと思っていたら、ミトコンドリアDNAの配列だったら決められそうということになり、これをテーマに決定。しかしその先が難しかった。15,500塩基対までは容易に決定できたが、近縁種の配列からしてあと700塩基対ぐらいあるはずだし、環状に繋がっていない。演題の登録締め切りは26日だったが、月末まで延びた。ギャップに近接する末端の塩基配列からギャップをカバーするリードを多数拾い集め、頑張って配列を作り上げ、マッピングしてみたところ、見事に張り付き、16,272塩基対のゲノム塩基配列が完全決定されたことが確認できた。今のところこの配列を知るのは学生と僕の2人だけ。しばしこの感動に浸った。
Aug29_2013

改正労働契約法

 昨年8月に成立した改正労働契約法では、同じ会社で5年を超えて働いた場合、有期雇用でも希望すれば無期雇用に転換できるらしい。そんな情報が入っていたが、正確なところはいったいどうなのか。僕の場合、昨年4月から今の独立行政法人に異動し、4か月後の8月から5年契約となり早一年が経ってしまった。つまり4年後に更新してもらえなければ首になる身なのだが、この改正労働契約法により救われるのか。今日の新聞にそのことが分かり易く書かれていた。しかし「適用されるのは今年4月以降に交わされた契約だけ」とのことで、僕には関係ないことが一瞬にして明白となった。4年後、無職にならないためにはしっかりと研究業績を上げるしかない。

TBLASTXの罠

 学生がある動物のミトコンドリアのゲノム配列を決めているのだが、大発見をしたかもしれないと大騒ぎになった。この動物のゲノムではトリプトファンをコードする配列が終止コドンになってしまっているというのだ。確かに変な動物だからそういうこともあるのかもしれない。何人かで興奮しつつ、冷静に調べるようにと指示していたが、学生自らこの問題を解決してくれた。ミトコンドリアの遺伝コードはちょっと違うのである。そのことを誰もがすっかり忘れていた。TBLASTXの罠(わな)にはまっていた数日間で大発見はしぼんでしまった。

卒業研究学生の復帰

 僕のところで卒業研究をしている学生が卵巣嚢腫とのことで急遽、入院、手術となった。いきなりのことで研究室のみんなが驚いたが、僕らには見守るよりなすすべがない。周りには婦人科関係に詳しい医師がたくさんいるので、もっと早くにいろいろと相談しておけば良かったのに。手術が終わったらすぐに連絡をくれるとか言っていたが、そんなに無理する必要はない。それでも翌日にはメールが届いた。熱が出て大変らしいが、手術は無事に終わり、腫瘍も良性だったとのこと。良性、それだけが心配だったので、もう安心。ここらで熱にうなされ、生活態度を改めるいいきっかけになればいい。そして手術から19日目にあたる今日、連絡もせずに突然研究室に現れた。学会発表をなんとかしなければという焦りもあるらしい。

LibreOfficeで初プレゼン

 学生たちにはMicrosoft OfficeのPowerPointなんかでなくLibreOffice Impressを使ってプレゼンテーションするように言っておきながら、自分ではPowerPointを使い続けていた。今日のプレゼンがいい機会だと、初めてImpressを使ってみたのだが、慣れないことはあったが、特に大きな問題はない。他人との関わりでMicrosoft Officeを使い続けなければならないことはしかたがないのだが、少なくとも自分だけで閉じたことならばLibreOfficeへの完全移行は可能である。もうそうすることにしよう。

Cのポインタ

 プログラムのバグがどうしても取れない。きのう、ずっと悩んで悩んで考えたのだが、何が悪いのか分からない。その日のうちに何とかしたかったがしかたなく明日に延ばして頭を休めることにした。しかし家に帰ってもこのことが頭から離れない。そして今日、またそのプログラムと格闘して、ようやくバグが取れた。けっきょくはポインタの扱いで場所が1つずれていただけのことだった。最近、めったにCでは書かなくなったが、やはりポインタには細心の注意を払って書かないと後々のデバッグ作業に予想外の時間をかけなければならないことになる。新規にコーディングするのに1時間、デバッグに1日かかるとしたら、こういう場合はあきらめて0から作り直した方が早いこともあるのかもしれない。

ミトコンドリアのゲノム配列を決定

 ここ最近、ALLPATHS-LGというプログラムを試している。次世代シークエンサから得られた大量の短いDNA配列を、既知のゲノム配列を用いずに繋(つな)げるソフトウェアである。今日、B6と呼ばれる黒いマウスのミトコンドリアDNAの配列を決めようと試みたら、なんと一発でその16299塩基対が報告されている配列と1塩基も違わず決定された。B6は、大学院生の頃たくさん飼っていた。幼い頃はかわいいのだが、大きくなると毛が抜けてきたりしてあまりかわいくない。さてさて、そんなことはどうでもいい。ALLPATHS-LGをほんの数分動かしただけでミトコンドリアDNAの配列が決まってしまったのだ。プログラムにも驚かされたが、それ以上にここで得られた配列データの正確性にも驚かされた。次世代シークエンサのデータは思っていたよりもきれいだ。特にたくさん読んでいれば。この感動は実際にやってみなければ分からないから、周りに話したところで共有できるものでもない。B6だけでなく他2系統のマウスも試みたのだが、そちらはそう一筋縄では行かなかった。何らかの工夫が必要だろう。また挑戦しよう。

デジタルメモのための機器

 仕事の打合せ等の際、メモを取って、それを後で検索できるように保存しておきたい。パソコンを持ち込むのには抵抗があるのでこれまではポメラを使っていた。昨日のセミナーでは試しにiPad miniで打ってみたのだが、とても実用的でないことが即座にわかった。MacBook Air 11-inchを購入したので、今日のミーティングではこれを持ち込んでみたら、やはりテキストの入力にはパソコンが断トツに効率がいい。11インチの大きさならば抵抗感もなし、ポメラよりも持ち運び易いかもしれない。これからはこのMacBook Air 11-inchを持ち歩いて活用することにする。

病院と研究所の合同会議

 今年度から月に一度の会議は病院と研究所のメンバー一緒に行われることになった。以前から、病院と研究所が同じ敷地内にあるメリットを感じていないため、この会議には少しは期待を寄せていたのだが、その期待はものの見事に打ち砕かれた。これから毎月、こんな会議に顔を出して一時間以上もの勤務時間が奪われるのかと思うと憂鬱であること極まりない。

久々に論文を執筆

 投稿論文の一部を執筆することを約束しておきながら、なかなか仕事が進んでいなかった。思い返せばここ数年間、論文を書いていないので、英文を書く感覚が鈍っていた。この数週間、久々に集中して打ち込んで、以前の感覚を取り戻せたような気がする。原稿をメールで送ったところ、夜中にも関わらずすぐに「心より御礼申し上げます!!」などと叱られるどころか感謝されるような返事があった。

名前が似ているキャリア官僚

 厚労省の出先機関であるうちの職場には、キャリアのための特別なポジションがある。組織的には総長に次いでナンバーツーに位置するようだが、総長がどう口出しできるのかということから実質のナンバーワンだと言う人もいる。高額の計算機の購入計画を進める委員会では意見を言われたことがある。僕と名前が似ていて、時にメールが誤って僕のところに届いたりかなり危険なこともあったのだが、今月からどこかの厚生局の局長になったようだ。いずれは厚生労働事務次官だろうか。楽しみにしていよう。

ホタルイカの発光

 富山県の滑川からホタルイカが届いた。研究目的で依頼したもので、氷入りの海水の中に閉じ込められた12杯が冷蔵状態で送られ、果たして生きて東京まで届くものかと一同不安が絶えなかった。それゆえ全個体が動いていることを確認した時は嬉しかった。光っていないのが気になったが、ホタルイカはどれほどの光を放つのか。部屋を真っ暗にして、冷たい水に手を突っ込みイカを捕まえようといじめると一瞬だけ発光を確認できた。これだけの光ではとてもカメラには収められそうもないが、光る個体ならば実験には問題なく使えそうだ。いよいよ頭足類の研究を開始する。

老教授との再会

 共同研究する先生を呼んで話し合いをするので同席するよう頼まれた。その先生とは僕が博士課程の頃に在籍していた研究室で助教授を務めていた先生だ。自分が約束を守らなかったくせに僕のことを叱りつけて、いい印象を持っていないのだが、別に恨みを持っているとかそんなわけでもないので喜んで同席した。向こうは僕のことを覚えているだろうか疑問だったが、顔を合わすなり「なんでお前がこんなところにいるんだ」というような驚きと懐かしさの表情で迎えてくれた。理不尽に叱られてからもう15年経つだろうか。年を取られて心も体もだいぶ丸くなったようだ。

ネットワーク通信速度の比較

 一年前、この研究所に来てからずっと思っていたのだが、ネットワークの通信速度が信じられないほど遅い。新しい所長が赴任して、何か困っていることはと聞かれ、ネットワークのことを思い出して話したところ、国立の研究所でそんなことはあり得ない、何らかの問題が起こっているはずだから調べて担当部署に問い合わせてみるようにと指示を受けた。面倒なことになったなと思ってしばらく放置していたのだが、調べてみたら驚くべき結果が出た。米国の大学のサイトからあるファイルをダウンロードするのにかかる秒数を、時間帯を変えて何度か調べてみた。研究所の僕のMacを使った場合は毎秒80キロバイト。僕のiPhoneのモバイルデータ通信を使ってMacBook Airにダウンロードしてみるとみるとなんと10倍の毎秒800キロバイト。LTEは宣伝文句通り速いことを実感。自宅のMacからは毎秒1800キロバイトという驚愕の事実が明らかとなった。さてどう報告しよう。なんとなく遅い気がするではだめだ。やはりこのように数値を提示しなければ。

ウシの鳴き声がする職場

 Google Talkのビデオチャットで宮崎大にいる友人も交えて研究の打ち合せをしていたら、突然モーゥっとウシの鳴き声が聞こえてきて驚かされた。しかも向こうは平然としている。ちょっと臭いのかもしれないが、周りにウシがいるとはなんていい仕事環境だろうと羨ましく思った。東京は何かと便利なのだが、退職したらぜひ田舎に引っ込みたい。

落札後に仕様書と契約書を書き換える

 僕が購入計画の詳細を詰めて進めていた計算機システムの入札で、予想外の会社が落札してしまった。入札のための仕様書作成でDell PowerEdge R720を指定してもらうのに一悶着あり、そしてそれ以上の波乱が起こった。その会社が事前のした見に来た際に、Fujitsuのサーバを入れるから仕様書と契約書を書き直して欲しいととんでもないことを言ってきた。そんなことが許されるわけがない。こいつら入札の何たるかが分かっているのか。こんな奴らと関わっていると独立行政法人の職員である僕らの身が危ない。今回の財源を確保してくれた研究所の副所長に相談すると、当然のように怒り心頭。即刻辞退してもらい、別な業者に指定日時までに納品してもらうよう指示を受けた。そしてすぐに辞退するようお願いしたところ、今度は調達を行っている事務方から怒られた。勝手に会社と連絡を取るなと。連絡を取るなと言ったって、契約書を書き換えて別な計算機を入れるなどとほざいている状況を放っておいていいのか。話し合いが持たれて、ようやく仕様書通りの計算機システムを入れてもらわなければ困るということでまとまった。当たり前のことだ。そして落札した会社がR720を2ノード、これから調達するということに。もう数週間しかない。間に合うのか。

レストランで研究の打合せ

 いろいろな経緯があり、ここ何年か脊索動物のある種の研究をしていた。基本的にもう足を洗ったつもりなのだが、研究をしていると他の研究者とのつながりもできてくるので、完全に抜け出せるわけでもない。今日はある2人を引き合わせる役目を担うことになり、ついでに面倒を見ている2人の学部学生も巻き込んで5人で病院のレストランで軽く食事をしながら話した。僕自身には直接どうのこうのという話題ではないのである意味気楽だったが、こういったことは早い段階で腹を割って話し合い、ある程度の合意を取っておかなければあとでややこしいことになる。

計算機を落札した業者の下見

 先月末に僕の方で仕様をまとめた計算機の入札が2件あり、そのうちの1件は予期せぬ業者が落札した。DellのPowerEdge R720を想定していたのだが、富士通のサーバを納品する予定だということで関係者が納入場所の確認に来た。それを使って実際に仕事をするのは僕や僕の研究仲間であり、それをふまえた要望を伝えてもなんか話が噛み合ない。こいつら、ちゃんと仕様書を読んだ上で応札したのか。ちょっと厄介なことになりそうだ。お金が絡む事なので、慎重に事を進めねば。

ヒメイカを食す

 友人にヒメイカという世界最小のイカを手配してもらい、エタノールで麻酔をかけ、解剖の練習をする。練習と言っても僕自身は見ているだけで、実際には学生にやらせるわけだ。そういうことは得意だと豪語していたが、専門家の直接の指導のもと、本物のイカを前にして遊び程度で慣らしてきた解剖の技が通用するものか。しかし意外にも彼女は数匹さばいただけで目的の作業ができるまでに至った。やるではないか。もらった分だけ何度も練習させようかと思っていたが、その必要がなくなり、何匹も余ってしまった。4匹、いや4杯と呼ぶべきか、持ち帰ってみたものの、なんか弱ってきたような感じでもうかわいそうだったので油で揚げてみた。妻と娘には嫌がられたが、たまたま来ていた母と2人で食べてみた。意外な柔らかさが絶妙な味を醸し出していた。
Feb08_2013
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Author:Glires
生物学者の端くれ

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